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La phénologie des oiseaux en Wallonie: ce que nous apprennent les listes complètes d'observations

Depuis quelques années, nous vous invitons à prendre l’habitude de faire le plus souvent possible une liste de toutes les espèces que vous pouviez observer au cours d’une sortie ornitho. C’est ce que nous appelons le “suivi permanent de l’avifaune”. Prendre l’habitude d’encoder toutes les espèces, et pas seulement les observations les plus remarquables est une vieille habitude dans certains pays. Observations.be (et ses applications mobiles associées) permettent de faire cela très facilement. Alain Paquet a réalisé plusieurs tutoriels pour vous permettre de vous familiariser avec cette approche (voir en fin de page).

Dans cet article, nous allons détailler les premiers enseignements offerts par ces listes complètes, que de plus en plus d’ornithologues collectent en Wallonie. Nous pouvons en effet commencer à analyser la “phénologie” des espèces, c’est-à-dire les variations des phénomènes périodiques de la vie des oiseaux au cours d’une année (retour de migration, nidification, mue, départ en migration…). Pour cela, à partir des listes, nous réalisons des graphes montrant la variation au cours de l’année de la fréquence de détection d’une espèce parmi toutes les listes faites. En gros, vous pouvez voir cette fréquence (% des listes complètes) comme la probabilité d’observer l’espèce au cours d’une sortie ornitho classique (une heure ou deux), réalisée au hasard en Wallonie, à ce moment de l'année. L’image suivante vous donne une explication détaillée d’un de ces graphes phénologiques, basée sur l’Hirondelle rustique et les trois dernières années (2020 n’est pas encore terminée au moment d’écrire ce billet).

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Maintenant que vous avez compris le principe, examinons la phénologie de quelques espèces communes. Ici, nous allons montrer chaque fois des paires d’espèces proches, mais à la phénologie bien différente. Nous espérons que ces exemples vous donneront vous aussi l’envie de contribuer à ce suivi permanent de l’avifaune, c’est d’ailleurs très addictif sur le terrain !

Commençons par les deux petites grives de nos régions :

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Instructifs comme différences n’est-ce pas ? Ces graphes posent aussi des questions, comme les explications (météorologiques ?) qui se cachent derrière les variations interannuelles, comme le retour tardif des grives musiciennes en 2018 comparé à 2019 et 2020… Continuons avec un autre couple de nicheurs/hivernants, nos deux pinsons.

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Avec ces quelques exemples que nous complèterons bientôt par d’autres sur ce blog, nous espérons que vous percevez mieux l’intérêt de faire des listes lors de vos sorties ornithos! Pour le faire correctement, voici les tutoriels réalisés pour faciliter vos “premières fois”.

Tout d’abord, une explication sur ce qu’on entend par liste complète et “suivi permanent de l’avifaune”

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Ensuite une explication sur comment faire une liste complète sur Observations.be…

Alain Paquet vous présente comment créer des listes permanentes dans observations.be

Ensuite, une explication sur l’encodage d’une liste sur le terrain via iObs (pour iPhone):

Alain Paquet vous présente comment faire des listes complètes d'espèces avec iObs

Et enfin, la version pour ObsMapp:

Alain Paquet vous présente comment faire une liste complète d'espèces avec ObsMapp

Merci et bonnes observations !

Du bon usage de ObsIdentify

Avertissement : cet article dépasse le cadre strict du monde des oiseaux et s’adresse à tous les naturalistes

Depuis près de trois ans, une application appelée « ObsIdentify » permet l’identification automatique d’espèces sur base de photos. Elle est couplée à notre plateforme Observations.be et à n’importe quelle plateforme de la famille Observation.org. Sur le nouveau portail, ObsIdentify fonctionne automatiquement lorsque vous chargez une photo pour encoder votre observation, il peut aussi être mis en action via les applications ObsMapp (Android) ou iObs (fonctionnant sur iPhone) et enfin, il existe aussi sous forme d’une application mobile pour Android.

Identification directe d’une Fauvette babillarde Sylvia curruca sur base d’une photo à peine recadrée (photo de l’auteur)

Identification directe d’une Fauvette babillarde Sylvia curruca sur base d’une photo à peine recadrée (photo de l’auteur)

Ce printemps 2020, avec le confinement, l’utilisation d’ObsIdentify a explosé car de nombreuses personnes se sont intéressées à la faune et à la flore dans leurs environs immédiats. Des campagnes récentes comme « Naturaliste chez moi » ou le #HOMEsafari ont encouragé un public très large à tenter d’identifier les espèces présentes dans leur jardin. De nombreuses personnes sont époustouflées des capacités de l’algorithme, d’autres sont plus sceptiques et craignent une dévalorisation des observations. Ce post tente donc de faire le point sur ce nouvel outil de la panoplie naturaliste et donne quelques pistes d’une utilisation « idéale » …

Comment ça marche ?

ObsIdentify a été créé par Laurens Hogeweg, un néerlandais passionné qui s’est rapidement associé à notre plateforme favorite d’observations naturalistes. Avec le soutien de Naturalis, l’Institut National de Recherche sur la Biodiversité aux Pays-Bas, le produit sort en 2017 d’abord pour quelques groupes d’insectes et maintenant pour la plupart des groupes taxonomiques présents sur le portail, y compris les oiseaux. ObsIdentify est un algorithme d’intelligence artificielle utilisant « l’apprentissage profond » (ou « deep learning ») pour la reconnaissance d’image.

Cela vaut vraiment la peine de s’arrêter un moment pour comprendre cette technologie qui révolutionne non seulement notre pratique de naturaliste mais… notre vie quotidienne. Prenez le temps de visionner cette excellente séquence de vulgarisation de David Louapre:

ObsIdentify est entrainé à partir des photos d’espèces dont la détermination a été validée par les experts sur notre plateforme et sur waarneming.nl. Cela signifie donc qu’il ne « connait » que les espèces présentes dans le Benelux et que les groupes taxonomiques pour lesquelles il existe environ 10 à 30 bonnes photos validées par espèces. Ce que la vidéo de David Louapre vous permettra de bien comprendre, c’est que l’algorithme ne va pas nécessairement chercher les critères de détermination habituels, mais qu’il se base simplement sur les particularités qu’il a pu détecter dans l’ensemble des photos et l’association qu’il est capable d’élaborer entre ces images et le nom du taxon, et que nous ne connaissons pas nécessairement. Ce fonctionnement en « boite noire » peut paraître déroutant mais… force est de constater que ça marche plutôt bien ! Cela peut cependant conduire à certaines erreurs et, bien sûr, certaines espèces ne peuvent jamais être identifiées avec certitude sur base de la seule photographie. Il convient donc d’utiliser cette technologie avec précaution. En particulier, comme les photos pré-identifiées par ObsIdentify que vous postez sont examinées ensuite par l’équipe de validateurs qui assure la qualité d’Observations.be et qui a déjà énormément de travail, il est important de ne pas leur compliquer la tâche et de suivre quelques petits conseils. N’hésitez pas à ajouter d’autres idées en commentaires.

Quelques bonnes pratiques avec ObsIdentify

  1. N’ajoutez que des images de qualité suffisante, avec de préférence un seul individu en plein cadre, et pas trop floues. Souvent, une image prise avec le téléphone (en digiscopie par exemple) peut suffire, n’hésitez pas à recentrer (« croper »). N’oubliez pas que les photos sur lesquelles l’algorithme se base, même si elles ne sont pas toutes d’une grande qualité artistique, sont néanmoins suffisamment bonnes que pour avoir été publiées et validées sur Observations.be. N’attendez donc pas de miracle si vous postez une photo où l’oiseau apparaît comme un petit point brun flou au centre de l’image, et comptez alors plutôt sur vos propres capacités de détermination et ce que vous avez observé sur le terrain ! Certains utilisateurs s’amusent aussi à lui faire identifier des photos qui n’ont rien à voir avec ce qu’on publie habituellement sur Observations.be : un selfie, un ours en peluche, une paire de lunettes… C’est peut-être amusant d’essayer mais, s’il vous plait, ne publiez pas ensuite ces « identifications » sur la plateforme, cela ne fait qu’ajouter du travail inutile aux validateurs.

  2. Soyez attentif à « l’indice de certitude » donné par le système à chaque tentative d’identification (exprimé en pourcentage). C’est un bon indicateur, en tout cas vers le bas : méfiez-vous absolument des indices inférieurs à 50 % et même en dessous de 80 %. Dans ce cas, essayez éventuellement avec une autre photo et un autre cadrage. N’oubliez pas que, sauf exception, ObsIdentify va vous proposer un nom coûte que coûte mais si l’indice de certitude est faible, n’en tenez compte que pour chercher vous-même dans des références classiques (clés, livres d’identification, collections de photos…), en partant de la famille ou du genre donné par l’algorithme. Un indice supérieur à 90 % (il peut même être de 100 % dans certains cas) correspond dans la plupart des cas à une identification correcte mais des erreurs flagrantes ont déjà été détectées (voir exemple ci-dessous). L’application vous donne aussi parfois d’autres indications utiles comme « espèce uniquement identifiable sur base d’une dissection ».

  3. Utilisez votre sens critique ! Allez voir les photos validées de l’espèce proposée sur Observations.be ou ailleurs, mais aussi les cartes de répartition, les statistiques de l’espèce pour voir si la date correspond à la période habituelle d’observation. Consultez vos guides de terrain. C’est en fait la grande force d’ObsIdentify : vous ouvrir la porte à un apprentissage, vous offrir le premier indice qu’il faut pour ensuite creuser par vous-même. Ne laissez pas les validateurs faire ensuite tout le boulot à votre place. Acceptez aussi que l’identification n’est parfois tout simplement pas possible.

ObsIdentify n’est en aucun cas un outil dévalorisant pour le naturaliste expérimenté. C’est un outil de première approche d’un monde qui, si on n’a pas la chance de pouvoir se balader en compagnie d’un expert, vous reste souvent inaccessible. Soyez curieux et bonnes découvertes !

Un exemple frappant : identification d’une nymphe de coccinelle.

Un étrange être vivant au fond du jardin…

Un étrange être vivant au fond du jardin…

En jardinant, je découvre dans l’herbe une drôle de forme très colorée dont l’aspect me fait penser à une nymphe d’insecte. ObsIdentify m’indique « Phalacrotophora sp. » avec plus de 90 % de certitude. Il s’agit d’une petite mouche semblable à la drosophile qui ne ressemble en rien à cette larve, d’ailleurs beaucoup plus grande. Un expert (humain, cette fois !) me confirme que mon étrange découverte est en réalité une nymphe de Coccinelle à 7 points Coccinella septempunctata. Comment ObsIdentify a-t-il pu se tromper aussi lourdement tout en étant aussi sûr de son coup ? En creusant un peu, j’apprends que les Phalacrotophora sont des mouches parasitoïdes des nymphes de coccinelles, c’est-à-dire qu’elles pondent dans les nymphes de ces coléoptères. Et plusieurs photos validées de Phalacrotophora montrent des femelles de la mouche en train de pondre dans une nymphe. ObsIdentify s’est donc fourvoyé au cours de son apprentissage entre le parasité et le parasite, mais cela ne fait que confirmer son incroyable capacité de discrimination… et le fait qu’on peut apprendre énormément de chose en l’utilisant de manière critique et attentive !


Merci aux validateurs d’Observations.be, au groupe Facebook “Naturalistes de Natagora”, à Jean-Yves Baugnée et à Véronique Bouquelle pour les échanges à la base de ce post

Un migrateur qui enchante les forêts printanières : la Grive mauvis

En mars et tout début avril, dans les forêts à peine sorties de l’hiver, au milieu des premiers chants des oiseaux sédentaires, c’est toujours un grand plaisir d’entendre un chœur étrange, qui rappelle de loin le chahut d’un groupe d’étourneaux, émaillé de notes sifflées un peu mélancoliques. L’ornithologue est souvent surpris la première fois qu’il finit par découvrir les auteurs de ce raffut : des Grives mauvis en halte migratoire.

Une grive mauvis dans un lierre en début de printemps (photo: Tony Sutton CC-BY-NC)

Une grive mauvis dans un lierre en début de printemps (photo: Tony Sutton CC-BY-NC)

Ce « chant » communautaire de la Grive mauvis pendant la migration printanière est particulier car, à moins d’être très près du groupe, il apparaît souvent comme un bruit de fond indistinct. Il est cependant bien caractéristique quand on a l’habitude. En voici quelques exemples, tirés du site xeno-canto.

Le premier enregistrement vient d’Allemagne; on entend le chœur indistinct mais avec les notes sifflées en répétition du « vrai » chant de la Grive mauvis, caractéristique des forêts scandinaves (par exemple à 1’02” de l’enregistrement)

Le deuxième, assez typique également, vient d’un groupe en halte en Haute Ardenne…

Le dernier est un enregistrement pris de ma terrasse pendant ce confinement, en fin de journée. Un groupe de plusieurs dizaines de mauvis est posé dans une grande haie voisine. Le chœur s’interrompt brusquement à la seconde 18, le contraste est saisissant. Quelques secondes plus tard, tout le groupe prend son envol, peut-être suite à l’attaque d’un épervier.

Le milieu forestier où ces observations printanières se déroulent est assez surprenant, car la plupart des passereaux migrateurs s’arrêtent plutôt dans les milieux ouverts ou buissonnants. La Grive mauvis ne fait, la plupart du temps, pas exception. Ainsi, sur plus de 3000 données de cette espèce signalée comme « posée » en Wallonie, 42 % sont localisées dans des prairies (1). Cependant, comme on le voit sur le graphique ci-dessous, en mars, au cours de la migration de printemps, la proportion de groupes signalés en forêt monte à plus de 30 % des observations.

Répartition mensuelle des observations des Grives mauvis signalées posées selon le milieu où elles sont localisées, d’après Observations.be et l’habitat défini par les Ecotopes. (1)

Grive mauvis et Lierre grimpant (photo: Charly Farinelle)

La ressource qui attire probablement la majorité de ces grives dans la forêt est le lierre grimpant, cette liane produisant des baies consommées par de nombreuses espèces à cette époque de l’année, étant donné que la plupart des autres baies sont déjà consommées depuis longtemps.

Remarquons que la mauvis est observée proportionnellement plus souvent en halte au cours de la migration de retour qu’à celle d’automne, où une majorité des observations concernent des migrateurs actifs, remplissant notre ciel d’octobre des fameux sifflements de contact.

Répartition mensuelle des observations de Grive mauvis en Wallonie et à Bruxelles en fonction du comportement signalé (en migration active, posé ou non renseigné) (1). Dans nos régions, la mauvis est beaucoup plus souvent signalée au cours des deux passages qu’au coeur de l’hiver.

Observer des groupes de Grives mauvis en forêt me procure toujours une grande émotion, car, en plus d’être un oiseau élégant, c’est un migrateur extraordinaire à plusieurs égards.

Alors que son aire de répartition s’étend de l’Europe du Nord jusqu’au fin fond de la Sibérie orientale, cette espèce n’hiverne que dans le Paléarctique occidental. Ainsi, les individus qui nichent au bord du fleuve Kolyma, aux confins de la Russie, doivent au minimum parcourir 6.500 km pour atteindre les zones d’hivernage connues les plus proches, au bord de la Caspienne.

Aire de répartition mondiale de la Grive mauvis selon la Datazone de BirdLife. En jaune: aire de nidification, en bleu: hivernage. En vert: passage uniquement. Environ 60% de la population niche en Asie mais pratiquement toute la population hiverne …

Aire de répartition mondiale de la Grive mauvis selon la Datazone de BirdLife. En jaune: aire de nidification, en bleu: hivernage. En vert: passage uniquement. Environ 60% de la population niche en Asie mais pratiquement toute la population hiverne en Europe.

De plus, la Grive mauvis se caractérise, au contraire de nombreux passereaux, par une faible fidélité à sa zone d’hivernage. Un même individu peut passer l’hiver dans l’ouest de l’Europe puis se retrouver dans la Caucase l’hiver suivant. Ce phénomène est visible sur cette carte des mauvis baguées ou reprises en Belgique , disponible sur le site du Centre belge de baguage de l’IRSNB.

Carte des reprises des Grives mauvis baguées en Belgique (source: IRSNB) (en bleu: baguée en Belgique, reprise ailleurs; en rouge: baguée ailleurs, reprise en Belgique). Remarquez l’oiseau bagué en juillet 1995 au centre de la Russie asiatique, repr…

Carte des reprises des Grives mauvis baguées en Belgique (source: IRSNB) (en bleu: baguée en Belgique, reprise ailleurs; en rouge: baguée ailleurs, reprise en Belgique). Remarquez l’oiseau bagué en juillet 1995 au centre de la Russie asiatique, repris le 1er novembre suivant en Belgique à plus de 5000 km de là. Au moins 6 individus ont été capturés chez nous et repris dans le Caucase jusqu’à deux ou trois hivers plus tard.

Il faut souligner que cet erratisme spectaculaire n’est pas nécessairement la norme chez cette espèce : une proportion importante des reprises de baguage en Europe de l’ouest se réalisent quand même dans la même région d’un hiver à l’autre (2). Thomas Alerstam, dans un passionnant livre sur la migration publié il y a plus de 30 ans (3), suggérait, sur base de ses observations de la migration massive des grives en Scandinavie réalisées au radar, que le choix de la zone d’hivernage (orientale ou occidentale) était principalement déterminé par… la direction des vents dominants au moment de la migration d’automne.

Même au cours de l’hiver, la Grive mauvis se déplace souvent, glissant par exemple petit à petit vers le sud-ouest de l’Europe si les conditions l’imposent. Ce nomadisme est lié à leur alimentation hivernale principale: les baies d’arbres ou d’arbustes, qui sont des ressources fluctuantes et d’abondance imprévisible. La fidélité à un même lieu d’hivernage n’a donc que peu d’avantage pour les espèces qui dépendent de telles ressources.

Alors que ce confinement se prolonge, il est peut-être encore temps d’observer ces fantastiques turdidés dans le fond de votre jardin ou dans la forêt près de chez vous. Les massifs de Lierre grimpant sont de toute façon toujours de bons endroits où observer en début de printemps ! Le site EuroBirdPortal vous permettra d’ailleurs de visualiser en direct où en est la migration de la mauvis en ce moment :

Restez au jardin, prenez soin de vous et bonnes observations !


(1) Analyse menée sur base des données de Grive mauvis issues du portail Observations.be entre 2009 et 2020, en Wallonie, encodées avec un comportement indiquant le fait que les grives étaient posées (i.e. « recherchant de la nourriture »). Ces données ont été croisées avec la couche des « écotopes » 2015 défini par le projet LIFEWATCH qui donne un indication résumée de l’habitat sur base de techniques de photo-interprétation (voir http://maps.elie.ucl.ac.be/lifewatch/ecotopes.html).

(2) voir Milwright, R. D. P. (2003). Migration routes, breeding areas and between‐winter recurrence of nominate Redwings Turdus iliacus iliacus revealed by recoveries of winter ringed birds. Ringing & Migration, 21(3),183-192.

(3) Alerstam, T. 1990. Bird Migration. Cambridge University Press, Cambridge, New York, Melbourne, 420 pp.